Schönenberg liegt auf dem südlichen Zipfel der Zimmerbergkette, einer Seitenmoräne, welche der Linthgletscher bei seinem Vorstoss nach der letzten Eiszeit zurückgelassen hat. Das Gelände steigt vom See her zu einem terrassierten, von Drumlins geprägten, breiten Höhenrücken auf und fällt schroff gegen die Sihl ab. Entlang der Sihl und um den Teufenbachweiher im Süden Schönenbergs liegen Wälder. Auf den Gipfeln der Drumlins ist traditionell eine Linde gepflanzt. Schönenberg ist höhenbedingt zumeist oberhalb der Nebelgrenze des Mittellandes. Zusammen mit der grünen Landschaft und den Mooren von nationaler Bedeutung macht dieser Umstand Schönenberg zu einem Wandergebiet.